سبحانی نیا در سال ۱۳۸۲ پس از فراغت از تحصیل در رشته علوم سیاسی و طی تشریفات متعارف استخدامی در اداره چهارم اداره کل سیاسی وزارت کشور به عنوان کارشناس احزاب و تشکلهای سیاسی آغاز به خدمت نمود.

در سال ۱۳۸۸ و با توجه به اشراف رسانه ای ایشان ، به دعوت معاون سیاسی به این حوزه منتقل گردید و به عنوان مشاور معاون و عضو حقیقی شورای اطلاع رسانی وزارت کشور شروع به خدمت نمود.ایشان در این سال همچنین موفق به اخذ درجه کارشناسی ارشد در رشته علوم سیاسی گردید . 

در سال ۱۳۹۰ و با توجه به حسن سوابق و خدمات ایشان ، با نظر و اعتماد وزیر کشور به عنوان مشاور وزیر و رئیس گروه مشاوران وزارت کشور منصوب گردید. یکی از مهمترین اقدامات ایشان تاسیس کارگروه حمایت از صنایع نوپا و جوان در وزارت کشور به منظور حمایت از این دسته صنایع بود .

در آغاز دولت یازدهم ، سبحانی نیا به حوزه مجلس منتقل گردید و به عنوان رابط امور مجلس این وزارت خانه حاکمیتی انجام وظیفه نمود. تسهیل روابط بین وزارت کشور و مجلس و ایجاد تعامل فیمابین این دو دستگاه از اهم محور ماموریت های ایشان بود.

در ۱۳۹۳ مرتضی سبحانی نیا با توجه به دعوت وزیر محترم فرهنگ و ارشاد اسلامی برای ادامه خدمت به وزارت فرهنگ و ارشاد اسلامی مامور گردید و به عنوان مشاور مالکیت معنوی این وزارت خانه توفیق خدمت یافت .

در سال ۱۳۹۴ و با اعتماد و تعلق رای وزیر محترم فرهنگ و ارشاد اسلامی و رئیس هیات امنای شرکت توسعه فرهنگ ،  سبحانی نیا به عنوان مدیر عامل موسسه فرهنگ و توسعه ایران منصوب گردید. توسعه زیر ساخت های حوزه فرهنگ و ساختمانی و عمرانی ، همچنین ارائه خدمات گردشگری و هتلداری گوشه ای از ماموریت های این شرکت بود . گروه هتلهای آدران در دیزین و ایران زمین قشم از مجموعه های تابعه این شرکت می باشند.

در پایان دوره اول دولت یازدهم، ایشان با حسن نظر و اعتماد نمایندگان مختلف مجلس شورای اسلامی به مجلس شورای اسلامی مامور گردید . مشاوره به نمایندگانی در کمیسیون های سیاست خارجی و همچنین عمران گوشه ای از سوابق ایشان است .

با پایان دوران ماموریت ایشان در مجلس شورای اسلامی که همزمان با حادثه دلخراش تروریستی در ساختمان ارتباطات مردمی مجلس شورای اسلامی همزمان بود ، سبحانی نیا به وزارت کشور بازگشته و ابتدا در مرکز بازرسی وزارت کشور ، سپس با توجه به تحصیلات تخصصی به مرکز مطالعات وزارت کشور و نهایتا با حسن نظر و اعتماد معاون مشارکت های سازمان اجتماعی به عنوان مدیر کل تاسیس سازمانهای مردم نهاد وزارت کشور منصوب گردید . وی  همچنین به عنوان دبیر کمیته حمایت و توسعه سمن ها با حضور دستگاههای مختلف مانند وزارت کشور ، وزارت اطلاعات ، نیروی انتظامی و نماینده منتخب سازمانهای مردم نهاد و دیگر دستکاهها به اقتضا نیاز خدمت نمود و به رشد کمی و کیفی سازمانهای مردم نهاد در آن مقطع کمک شایان داشت . یکی از توفیقات ایشان بازنگری سامانه خدمات الکترونیک سازمان اجتماعی کشور بعد از نزدیک به یک دهه بود .

در سال ۱۳۹۹ سبحانی نیا با توشه ای از تجارب مختلف در حوزه های امنیتی ، سیاسی و اجتماعی به معاونت امنیتی وزارت کشور منتقل شد و در اداره دوم این معاونت و در حوزه بهبود و توسعه زیرساختم های اقتصادی مرزهای کشور  مشغول به خدمت گردید . عضویت در کمیته اصلاح قانون گذرنامه و همچنین شرکت در جلسات کمیسیون انرژی مجلس به نمایندگی از وزارت کشور از جمله ماموریت های ایشان بوده است .

در سال ۱۴۰۱ مرتضی سبحانی نیا به دعوت وزارت کار ، رفاه و امور اجتماعی برای تصدی مدیریت عامل شرکت سرمایه گذاری توسعه راهبرد مرآت کیش از شرکت های تابعه هلدینگ صندوق حمایت و بازنشستگی کارکنان فولاد به این صندوق مامور گردید. شرکت مرآت کیش با عمری نزدیک به بیست سال در حوزه گردشگری و سرمایه گذاری فعال می باشد. در زمان انتصاب دکتر سبحانی نیا، این شرکت با بیش از ۶۰۰ میلیارد ریال به جهت سوء مدیریت مشمول ماده ۱۴۱ قانون تجارت بود. دکتر سبحانی نیا با تغیر سیاست های فروش این شرکت در کمتر از شش ماه ضمن خروج این شرکت از شمول ماده ۱۴۱ موجب تحصیل صد در صد درآمد پیش بینی شده در سال ۱۴۰۱ این شرکت گردید .

مرتضی سبحانی نیا ، پس از شرکت مرآت کیش به دعوت مدیرعامل شرکت پایانه ها و مخازن پتروشیمی و پس از رای هیات مدیره شرکت پشتیبانی مخازن پارس به عنوان اولین مدیر عامل این شرکت منصوب گردید.